SCIENZE OMICHE IN MICROBIOLOGIA

Anno accademico 2019/2020 - 1° anno
Docente: Viviana Cafiso
Crediti: 6
SSD: BIO/19 - Microbiologia generale
Organizzazione didattica: 150 ore d'impegno totale, 98 di studio individuale, 28 di lezione frontale, 24 di esercitazione
Semestre:
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Obiettivi formativi

Fornire gli elementi di base per l'analisi di dati omici ottenuti mediante sequenziamento High-throughput e proteomica in ambito microbiologico.


Modalità di svolgimento dell'insegnamento

Lezioni Frontali, Seminari, Laboratorio


Prerequisiti richiesti

Conoscenze di Microbiologia


Frequenza lezioni

Obbligatoria


Contenuti del corso

Analisi di dati derivanti da sequenziamento High-throughtput e proteomici in ambito microbiologico.


Testi di riferimento

Articoli Scientifici



Programmazione del corso

 ArgomentiRiferimenti testi
1Genomica Batterica:Metodi di sequenziamento NGS, formati di file. De-multiplexing, Sequence quality control (FastQC), Read trimming. Strategie e software per read mapping, de novo assembly, samtools, Re-sequencing e variant calling da file bam. Strategie e software per gene prediction and Genome annotation di genomi batterici. Materiale fornito dal docente 
2Genomica Batterica: Strumenti web per l'analisi dei genomi batterici, identificazione, studio del viruloma del resistoma in termini di ''acquired'' genes e SNPs. Ricerca e validazione di specifici SNPs mediante High Resolution Meelting. In silico determinazione di MLST, genomic epidemiology ed analisi filogenetiche mediante analisi di whole genome SNPs e core SNPs. Materiale fornito dal docente 
3Analisi di RNAomi e trascrittomi batterici da RNA-seq data, read trimming, de-novo transcript assembly, reference genome transcripts assembly, normalizzazione di dati ottenuti da esperimenti diversi, analisi di geni differenzialmente espressi e small non coding RNA, determinazione di operoni mediante tools dedicati ai trascrittomi batterici. Tools per analisi di Enrichment. Analisi statistica dei dati ottenuti mediante EdgeR o software opportuni. Analisi di validazione dei dati mediante real time qPCR. VisuMateriale fornito dal docente 
4Gene Ontology: KEGG database, Go-consortium tools, analisi di "functional protein association networks" mediante STRING Consortium Tool.Materiale fornito dal docente 
5Microbiomi: Analisi di Targeted Amplicon-Based Next Generation Sequencing delle 16S rDNA and ITS per lo studio dei Microbiomi batterici mediante la generazione di OTU, analisi descrittiva (alpha-diversity and beta-diversity) ed analisi statistica dei microbiomi (QIIME).Materiale fornito dal docente 
6Proteoma batterico: spaziale, temporale ed ambientale. Strumenti per lo studio del proteoma (Elettroforesi bidimensionale (2-DE): IEF Separazione per pI (punto isoelettrico), SDS-PAGE (separazione per massa molecolare), Analisi di immagine (scanner), Spettrometria di massa (MALDI-TOF; ESI), Rapporti carica/massa, database Proteici: EMBL, GenBank, SWISS-PROT.Materiale fornito dal docente 
7Metagenomica e Metatrascrittomica: Cenni su analisi di base.Materiale fornito dal docente 

Verifica dell'apprendimento

Modalità di verifica dell'apprendimento

ESAME ORALE


Esempi di domande e/o esercizi frequenti

Metodi di studio dei genomi e trascrittomi batterici