Trascrittomica ed analisi dati da RNAseq
| Descrizione del corso |
| Nella prima parte del corso verrà fornita una definizione di “scienze omiche” (importanza e diffusione). Successivamente si descriverà il concetto di trascrittomica, i suoi contenuti (classi di RNA) e le applicazioni generali (ambito vegetale e sanitario). La parte centrale del corso verterà sulla descrizione della tecnica del sequenziamento dell'mRNA (RNAseq) come strumento per lo studio dell'espressione genica: verranno descritti i tipi di sequenziamento, la costruzione di librerie di cDNA, l'assemblaggio del trascrittoma (reference o de novo), l'annotazione, l'arricchimento funzionale, l'analisi di espressione differenziale, l'analisi delle pathways metaboliche e l'interpretazione dei dati. Per ogni step della pipeline verranno elencati i principali tools utilizzati. Infine verranno forniti cenni su altri tipi di sequenziamenti dell'RNA (single cell transcriptome, spatial transcriptome, smallRNA, DAPseq). Il corso si concluderà con la descrizione di esempi applicativi. |
| Eventuale curriculum di riferimento |
| - BIOTECNOLOGIE AGRO-ALIMENTARI - BIOTECNOLOGIE BIOMEDICHE E PRECLINICHE - BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE - BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI |
| Docente di riferimento |
| Roberta Lo Piero, Angelo Sicilia. |
| CFU |
| 3 |