LABORATORIO DI INFORMATICA 2
Anno accademico 2025/2026 - Docente: ROBERTO PATANE'Risultati di apprendimento attesi
Modalità di svolgimento dell'insegnamento
L'insegnamento prevede 30 ore di lezione tenute dal docente, erogate in modalità laboratoriale, adottando un approccio teorico e pratico. Ciascuna sessione di spiegazione sarà seguita da una fase di esercitazione pratica, durante la quale verranno analizzate, corrette e illustrate le soluzioni. Qualora l’insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto sopra dichiarato, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel presente syllabus.
Informazioni per studenti con disabilità e/o DSA: A garanzia di pari opportunità e nel rispetto delle leggi vigenti, gli studenti interessati possono chiedere un colloquio personale in modo da programmare eventuali misure compensative e/o dispensative, in base agli obiettivi didattici ed alle specifiche esigenze. E' possibile rivolgersi anche al referente CInAP (Centro per l’integrazione Attiva e Partecipata - Servizi per le Disabilità e/o i DSA) del dipartimento
Prerequisiti richiesti
Nessuno
Frequenza lezioni
Obbligatoria
Contenuti del corso
- Algoritmi, diagrammi di flusso e linguaggi di programmazione
- Linguaggio Python
- Elementi di bioinformatica
- Moduli Biopython
Testi di riferimento
Programmazione del corso
| Argomenti | Riferimenti testi | |
|---|---|---|
| 1 | Introduzione al corso. | |
| 2 | Algoritmi, diagrammi di flusso, la programmazione strutturata, variabili e costanti, le istruzioni di input/output, assegnazione, la sequenza, la selezione. L’algebra di Boole nella programmazione. La selezione multipla. Cicli iterativi, i cicli pre e post condizionali, i cicli enumerativi. Linguaggi di programmazione, linguaggi di basso e di alto livello, compilatore e interprete. | |
| 3 | Linguaggio python, sintassi, variabili e tipi di dato, operatori, costrutti di selezione (if … else, elif), selezione multipla (match case). Cicli iterativi (while, for). Funzioni e moduli. Stringhe, liste, set, tuple, dizionari e file di testo. | |
| 4 | Elementi di bioinformatica, le sequenze, dogma centrale della biologia molecolare, codice genetico, confronto, similarità e distanza tra sequenze, allineamenti tra sequenze, BLAST, CLUSTALW/Omega, formati FASTA/FASTQ, GenBank. NCBI e database biologici primari. | |
| 5 | Biopython, oggetti Seq e MutableSeq, complemento, trascrizione, traduzione, allineamento pairwise, file FASTA/FASTQ. Entrez. |
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
Analisi degli esercizi svolti durante il corso, domande sul linguaggio di programmazione Python e i moduli Biopython. Esercizi pratici di programmazione.
La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.
Informazioni per studenti con disabilità e/o DSA: A garanzia di pari opportunità e nel rispetto delle leggi vigenti, gli studenti interessati possono chiedere un colloquio personale in modo da programmare eventuali misure compensative e/o dispensative, in base agli obiettivi didattici ed alle specifiche esigenze. E' possibile rivolgersi anche al referente CInAP (Centro per l’integrazione Attiva e Partecipata - Servizi per le Disabilità e/o i DSA) del dipartimento
Esempi di domande e/o esercizi frequenti
- Metodo .replace() di Python
- Dizionari in Python
- Differenza tra formato FASTA e FASTQ
- Oggetto Seq di Biopython
- Esercizio di trascrizione DNA in RNA con Biopython
- Esercizio di traduzione proteina con Biopython
- Esercizio di allineamento pairwise con Biopython
- Esercizio di accesso ai database NCBI tramite Entrez con Biopython